Биомедицинский инженер из Мичиганского университета обнаружил, что лишь часть всех известных видов бактерий когда-либо была в центре внимания научно-исследовательских усилий и последующей статьи. В своем исследовании, опубликованном на сервере препринтов bioRxiv, Пол Дженсен описывает, как он искал информацию о видах бактерий в базе данных PubMed и обнаружил, что большинство бактериальных исследований изучают лишь несколько видов.
За последние несколько десятилетий Escherichia coli не только была хорошо изучена, но и использовалась в качестве инструмента для изучения других биологических характеристик, поскольку теперь она настолько хорошо понята. Того же самого нельзя сказать о других бактериях, отмечает Дженсен, или даже о других микроорганизмах в целом.
В базе данных PubMed он обнаружил, что из 43 409 видов известных бактерий только 10 из них составили примерно половину всех исследовательских работ, перечисленных на сайте. Он также обнаружил, что почти 74% всех известных видов никогда не были предметом научной публикации — это неизученные бактерии, никаких исследовательских работ или последующих работ по ним не было опубликовано. Даже среди изученных видов (тех, у которых есть хотя бы одна публикация) 50% всех статей ссылаются только на десять видов. Более 90% всех бактериологических статей изучают менее 1% видов, создавая «длинный хвост» малоизученных микробов.
Дженсен сделал свои выводы, когда изучал возможность использования исследований, связанных с изучением определенных микроорганизмов. В частности, он надеялся узнать больше о Streptococcus sobrinus — микроорганизме, ответственном за кариес зубов. К своему удивлению, он нашел всего несколько десятков статей — недостаточно для достаточной подготовки своего исследования. Он также отметил, что уже прочитал все существующие статьи.
Дженсен обнаружил, что статьи по E. coli составили 21% от общего числа статей, посвященных бактериям, в базе данных. PubMed, как он отмечает, предоставляет хороший способ анализа исследовательских усилий в отношении микроорганизмов, поскольку изучаемые виды перечислены в аннотациях и/или названиях. Он также предполагает, что процент статей, найденных на сайте, вероятно, соответствует тем, которые можно найти в других репозиториях. Он предполагает, что микробиологам необходимо расширить свои исследовательские перспективы в ближайшие годы и делать акцент не на сборе данных, а на производстве знаний на основе уже имеющихся данных.
