Наиболее часто встречаются термальные азотные слабоминерализованные воды. На базе основных минеральных источников функционируют такие курорты, как Иссык-Ата, Ак-Суу, Джергалан, Джалал-Абад, Чолпон-Ата, а также бальнеолечебницы и профилактории (Гульче, Аламедин и др.). Особую ценность представляют уникальные термальные радоновые воды с большой концентрацией радона, со средней минерализацией, на базе которых функционирует курорт Джеты-Огуз. На некоторых курортах и во внекурортной обстановке применяют искусственно приготавливаемые радоновые ванны чаще с концентрацией радона от 40 до 80 нКи/л.
В республике широко распространены углекислые воды. Однако расположение выходов их мало перспективно для строительства курортов из-за большой высоты расположения над уровнем моря и поэтому они используются только для промышленного розлива (нарзаны Ак-Суу, Чатыр-Куль, Арашан). Запасы этих вод весьма значительны — нарзанами при организации широкого розлива можно обеспечить не только Киргизию, но и другие республики Средней Азии, Казахстан, Западную Сибирь.
Весьма перспективно использование в лечебных целях разнообразных углекислых вод месторождения Кара-Шоро, расположенного на юге Киргизии. Химический состав их разнообразен и напоминает всем известные минеральные воды — Ессентуки, Зваре, Арзни.
Исследования, проведенные сотрудниками НИИКиФ, доказали высокую эффективность применения этих вод при заболеваниях желудочно-кишечного тракта.
В районе Майли-Сая найдены сульфидные воды мацестинского типа, которые до настоящего времени не нашли широкого лечебного применения.
Создана Гидрогеологическая режимно-эксплуатационная станция, которая следит за рациональной эксплуатацией, гидрогеологическим и гидротермическим режимом, правильностью использования и состоянием бальнеотехнических систем. Подсчитаны запасы минеральных вод по курортам республики. Они составляют на курорте Джалал-Абад —21 л/сек, Джеты-Огуз — 5,15 л/сек, Иссык-Ата —25,5 л/сек, Джергалан —10 л/сек. Как видно из приведенных данных, в настоящее время запасы минеральных вод намного превышают количество используемых с лечебной целью и дают все основания для расширения уже действующих курортов, строительства плавательных бассейнов http://www.avangard-bassein.ru/portfolio/ с использованием минеральных вод.
В настоящее время организован розлив минеральных вод — джалал-абадской, углекислых вод Ак-Суу, Кара-Шоро, Арашан. Они используются как столовые (Ак-Суу) и с лечебной целью при различных заболеваниях.
