В соответствии с новым постановлением, Государственная пограничная служба будет осуществлять круглосуточный контроль на всех контрольных пунктах спецзоны. Кроме того, пункты пропуска будут подключены к Единой системе учета внешней миграции в сотрудничестве с Министерством иностранных дел КР, ГКНБ и ОАО «Кыргызтелеком» (по согласованию). В международном аэропорту «Иссык-Куль» планируется установить систему разделенного выхода для пассажиров, направляющихся в зону и выезжающих из нее. Пограничникам также поручено рассмотреть возможность увеличения численности сотрудников для обеспечения установленного режима.
Контроль за товарами на границах зоны возложен на таможенную службу, которая также должна организовать их размещение под процедуру свободной таможенной зоны в соответствии с международными соглашениями. Таможня будет оценивать необходимость расширения штата для работы на контрольных пунктах.
Министерство финансов отвечает за строительство, оснащение и модернизацию контрольных пунктов, а управляющая компания зоны должна наладить взаимодействие с государственными органами для внедрения всех процедур.
