Согласно рассказу Мураталли Тажимамата Абдураимова, управляющего мечетью, дехканин по имени Мамаюсуп Ходжи решил создать место поклонения для местных верующих. Он инвестировал собственные средства в строительство и пригласил знаменитых мастеров из Самарканда и Хивы для оформления стен и потолков мечети. Первоначальная площадь здания составляла 13 на 12 метров.
С приходом Советской власти, которая отвергала религию, мечеть была преобразована в райпотребобщество Кара-Суйского района.
Позже, в послевоенные годы, в здании мечети организовали пекарню, где производили традиционные хлебобулочные изделия.
В 1981 году, по просьбе местных жителей, мечеть вновь открыла свои двери. В этот период она носила название «Бокий», что переводится как «Вечная».
Однако в начале 1990-х годов потомки основателя Мамаюсуп Ходжи обратились с просьбой вернуть мечети её историческое имя.
Таким образом, мечеть снова стала именоваться в честь своего создателя — Мамаюсуп Ходжи-Ата.
Следует отметить, что в XVI и XVII веках искусство рукописи и переплетного дела достигло значительного развития в религиозных и культурных памятниках. Внутреннее оформление зданий включало изысканную каллиграфию и тонкие орнаменты, выполненные водяными красками. Среднеазиатская школа растительной росписи и миниатюры пользовалась особой популярностью в городах Великого шелкового пути, а также развивалась в различных стилевых направлениях, каждое из которых отличалось утонченностью архитектурных форм и изысканным вкусом мастеров.
